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抢跑疫情:二代技术缩短病毒基因测序时间

2020年1月25日              
关键字:科研  病毒基因测序  

  武汉肺炎疫情继续蔓延的同时,相关科研工作正在紧锣密鼓地进行。

  2020年1月10日,上海市公共卫生临床中心和公共卫生学院与华中科技大学武汉市中心医院、武汉市疾病预防控制中心、国家传染病预防控制所、中国疾病预防控制中心和澳大利亚悉尼大学合作,公开了2019冠状病毒基因组。

  经数据分析,2019-nCoV与2003年爆发的SARS病毒基因组序列相似度为80%,与2017年2月从国内的蝙蝠中采集到的Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45基因组序列相似性最高,相似度为88%。对2019-nCoV病毒株的基因组变异分析为追溯病毒来源、追踪病毒株变异路径、防控新型冠状病毒引发的疫情、治疗病毒性肺炎提供重要的数据基础与决策支持。

  1月11日,国家卫健委发布消息,武汉不明原因的病毒性肺炎疫情受到各界广泛关注,为维护全球卫生安全,中国将与世界卫生组织分享武汉不明原因的病毒性肺炎病例中检测到的新型冠状病毒基因序列信息。

  与2003年造成“非典”疫情的SARS病毒相比,此次2019冠状病毒基因测序完成的时间大大缩短。

  恒瑞源正首席科学家周向军博士向《中国经营报》记者介绍,2003年,SARS病毒基因测序使用的是第一代技术,此次2019冠状病毒测序使用的是第二代技术Next Generation Sequencing(NGS),相比于第一代技术,第二代技术测序完成更加快速、准确。

  2002年12月,“非典”病例开始出现,2003年4月13日,加拿大一间实验室率先宣布破译了SARS病毒序列。2003年5月1日,美国《科学》杂志刊登了两份“非典”病毒基因组序列研究论文。由美国和加拿大研究人员组成的两个研究小组在论文中证实,“非典”病毒是一种全新的冠状病毒。

  相比之下,此次新型冠状病毒疫情从通报到基因组被破译仅用时10天。周向军介绍,病毒基因序列对于检测、快速诊断、疫苗研发和药品研发都具有重要意义。

  新型冠状病毒基因序列公布后,国内从事传染病检测的体外诊断行业公司迅速布局研发,已经先后有多家公司宣布推出新型冠状病毒检测产品。

  1月22日,国家卫生健康委办公厅和国家中医药管理局办公室联合印发《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第三版)》。对于病例的定义,该诊疗方案明确,同时符合流行病学史(即发病前两周内有武汉市旅行史或居住史;或发病前14天内曾经接触过来自武汉的发热伴有呼吸道症状的患者,或有聚集性发病)和临床表现为发热;具有肺炎影像学特征;发病早期白细胞总数正常或降低,或淋巴细胞计数减少,可以判断为疑似病例。

  符合疑似病例标准的基础上,痰液、咽拭子、下呼吸道分泌物等标本进行实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒核酸阳性;或病毒基因测序,与已知的新型冠状病毒高度同源,则判断为确诊病例。

  北京市一家新型肺炎救治定点医院的专家向记者介绍,目前北京市医疗机构对新型肺炎患者的确诊流程是,患者到医疗机构就诊后,医生根据上述诊疗方案判断患者是否为疑似病例。将疑似病例隔离后,将患者的痰液、咽拭子、下呼吸道分泌物等标本送至各辖区疾控中心进行实时荧光RT-PCR检测,经过专家会诊,确定是否为确诊病例。由于核酸检测试剂盒刚刚研制成功,目前暂时还未下发到医院。

  RT-PCR即逆转录PCR,是聚合酶链式反应的一种广泛应用的变形。聚合酶链式反应作为一种分子生物学技术,可以完成DNA片段的扩增工作,它最突出的优势就是可以脱离生物,在生物体外开展DNA的复制工作,并且可以将少数、微量的DNA进行很大程度的扩增。

  核酸检测PCR试剂盒中含有聚合酶链式反应所需要的各种试剂组分,PCR反应液混合液中加入检测样品,即可进行PCR扩增反应。PCR扩增产物经琼脂糖电泳染色判断,阳性样本将在相应大小的片段处出现特异性条带,从而对感染样本进行确诊。

  上述专家指出,春节期间,广大群众要避免到电影院等人流聚集的地方,其染病风险非常大。目前春节档电影已经全部撤档。此前,春节档电影预售票房已经超过2亿元,从专家角度考虑,这一情况对于新型肺炎防控具有很大风险。

责任编辑:王聪
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